醫健通（資助）系統旨在支援長者醫療券計劃及疫苗資助計劃的管理及監管。醫療券透過網上系統發放及使用，以取代實體券，長者並可於網上或致電經系統查詢醫療券的結存和取得參與計劃的醫療服務提供者名單。而在疫苗資助計劃中，醫療服務提供者為病人注射疫苗前，可透過醫健通（資助）系統查閱病人的疫苗接種紀錄，以避免重複注射疫苗及加強保障病人安全。