医健通（资助）系统旨在支援长者医疗券计划及疫苗资助计划的管理及监管。医疗券透过网上系统发放及使用，以取代实体券，长者并可于网上或致电经系统查询医疗券的结存和取得参与计划的医疗服务提供者名单。而在疫苗资助计划中，医疗服务提供者为病人注射疫苗前，可透过医健通（资助）系统查阅病人的疫苗接种纪录，以避免重复注射疫苗及加强保障病人安全。